污染物排放对环境的损害，与污染物排放浓度和排放总量有关。为加强污染防治，减少污染物排放，2003年国务院颁布实施的《排污费征收使用管理条例》，明确按污染物排放总量征收排污费，即达到国家和地方规定排放标准的，按其排放污染物的种类、数量征收排污费；向水体排放污染物超过国家和地方规定排放标准的，在排污收费额基础上加倍收取；以填埋方式处置危险废物不符合国家有关规定的，按照排污种类、数量收取；产生的噪声污染超过国家环境标准的，按照超标声级收取。

与现行排污费制度相衔接，环境保护税针对大气、水污染物的排放总量征收，即不管是达标排放的污染物还是超标排放的污染物都要征税。但由于达标排放的污染物所含污染当量数少，从而可以少缴税；超标排放的污染物所含污染当量数多，从而需要多缴税。这种政策处理，有利于促进企业、单位改进工艺、减少污染物排放。另外，缴纳环境保护税不免除纳税人的防治污染、赔偿污染损害等法定责任，考虑在环境保护法中已明确对超标排放污染物予以行政处罚，所以，在《环境保护税法》中未再规定对超标排放污染物予以加倍征税。